生物熏蒸的应用方法比较简单，一般是选择好时间后，将土地深耕，使土壤平整疏松，将用作熏蒸的植物残渣切碎，或是用家畜粪便、海产品，也可互相按一定比例混合均匀洒在土壤表面，之后浇足量的水，然后覆盖透明塑料薄膜。为了取得对病害较好的控制效果，要考虑以下因素,最好在在晴天日照时间长、环境温度高时操作，这样利于反应；要有一定湿度，以利于植物残渣等的水解；粪肥要适量，根据土壤肥沃程度，选择好粪肥量，以防止烧苗等情况；如有可能最好结合太阳能消毒，可更有效发挥作用。

        在夏季, 将新鲜的家禽粪便, 或牛粪、羊粪加入稻秆、麦秆等中, 与土壤充分混合后, 再盖上塑料布, 可显著提高土壤温度, 并产生氨, 因而具有双重杀死土壤病原菌和线虫的效果。  

        以上熏蒸技术在大田对不同作物进行试验，获得了良好的效果。（见下图）